A pesar de que el lago nunca estuvo conectado con el mar, los paralelismos biológicos con éste son extraordinarios. Así, bajo sus aguas habitan rápidos predadores plateados como atunes, enormes bancos de sardinas de agua dulce, cíclidos herbívoros como muchos lábridos, predadores de emboscada como los meros y filtradores de arena como los salmonetes.
El acceso al lago Tanganyika es siempre problemático. No existe infraestructura turística alguna, por lo que cualquier expedición al mismo ha de realizarse por medios propios. Los cerca de 2.000 km de costa del lago se reparten entre el Congo al oeste, Tanzania al este, Burundi al norte y Zambia al sur. El acceso por el Congo y Burundi es casi suicida, dada la inestabilidad política de esas regiones. Las costas Tanzanas y Zambianas no son tan problemáticas, pero la localización del lago se halla en zonas no frecuentadas por turistas de estos paises, por lo que el riesgo de problemas es muy elevado. Valga decir que en la primera expedición del autor a Zambia (en teoría el pais mas tranquilo) en el año 2003, este pasó la última de las cinco semanas de expedición en solitario, arrestado en la cárcel acusado de inmigrante ilegal junto a un grupo refugiados de guerra congoleños.

Virus, parásitos y amenazas
Por otra parte, el lago está considerado como zona de alto riesgo epidemiológico por Sanidad Exterior. Malaria, cólera, y otras muchas enfermedades son extaordinariamente comunes en la región. Asimismo, en las aguas del lago se ha documentado la presencia de Schistosoma, el parásito causante de la Bilharziosis, una parasitosis altamente peligrosa para el ser humano. En resumen, el lago no es lugar para unas plácidas vacaciones. Sin embargo, la grandeza y exclusividad de su fascinante vida acuática pueden hacer compensar los riesgos a aquellos naturalistas y fotógrafos de la naturaleza más devotos y comprometidos.
Por desgracia, las amenazas que se ciernen hoy sobre Tanganyika no hacen pensar en un futuro optimista para su supervivencia. La sobrepesca de las sardinas del lago, conocidas como Kapenta en Zambia y uno de los recursos alimenticios más importantes de la región es hoy un hecho constatado. La tala indiscriminada y los incendios provocados en sus orillas arrastran el suelo hacia las aguas provocando la eutrofización del medio destruyendo así los hábitats de docenas de especies únicas. La pesca incontrolada para el mercado de los peces ornamentales está llevando a ciertas especies y variedades al borde de la extinción.