La zona pelágica se divide en dos áreas: el área cercana a la costa y de poca profundidad o área epi-pelágica y otra más alejada de la costa, con grandes profundidades, el área bati-pelágica. Las características que separan ambas áreas no son muy marcadas, combinándose especies de ambos dominios.
El medio pelágico se caracteriza por ser un ecosistema poco maduro, ofreciendo el mejor ejemplo de comunidad de gran rendimiento. La comunidad pelágica de la plataforma continental se encuentra sometida a fuertes fluctuaciones naturales, en general cíclicas, pero de corto período. La existencia de estas variaciones estacionales hace que la diversidad específica sea baja, es decir, que existan muchos individuos de unas pocas especies diferentes en áreas relativamente amplias, adaptados a reponerse de las fluctuaciones y sus irregularidades con una fecundidad muy elevada y un rápido crecimiento pudiendo alcanzar en muchos casos la madurez sexual en el primer o segundo año de vida. Así estas especies se recuperan rápidamente cuando se ven sometidas a condiciones adversas, incluida la explotación humana. Todos estos aspectos hacen este ecosistema ideal para la explotación humana. Pero a pesar de que las poblaciones de este ecosistema se renuevan de forma anual debido a su alta reproducción, este recurso pesquero es vulnerable, por lo que sólo se debe capturar la porción necesaria, es decir, aquella que asegure la continuidad de la reproducción.

Plancton
El plancton está formado por pequeños seres animales y vegetales que flotan en la columna de agua y que se encuentran a merced de las corrientes marinas. Es la base de la cadena alimenticia del ecosistema pelágico. El plancton es muy sensible a las condiciones metereológicas y oceanográficas. Los blooms o afloramiento de grandes concentraciones de plancton en diversas zonas es debida a la combinación de varios factores como son aguas frías oxigenadas, ricas en nutrientes, temperatura adecuada, etc. En estas zonas se genera gran cantidad de vida y allí acuden los peces para alimentarse y reproducirse. Las variaciones estacionales producen grandes migraciones en la mayoría de las especies pelágicas que se moverán en busca de zonas adecuadas para alimentarse en invierno y para reproducirse en verano

Necton
Está formado por animales que habitan en la columna de agua y que son capaces de desplazarse activamente por natación, independientemente de las corrientes y otros movimientos de las masas de agua marina. El necton es más pobre que el plancton en cuanto al número de grupos que lo integran; sin embargo, no deja de tener una enorme importancia, tanto desde el punto de vista cuantitativo como económico.
La zona pelágica es un medio ecológico de extraordinaria uniformidad, por lo que las formas nectónicas se reducen a pocos modelos de organización tanto en estructuras como en funciones, presentándose múltiples casos de convergencia evolutiva. Son pocos los grupos de seres vivos capaces de habitar estas zonas, ya que exige un aparato muscular importante regulado por un sistema nervioso evolutivamente avanzado y dotado de unos órganos sensoriales que le permitan recibir estímulos lejanos (ojos, detector de corrientes, sonidos, etc.). Así solo los animales pertenecientes a tres grupos superiores forman parte del necton: cefalópodos entre los moluscos, crustáceos decápodos entre los artrópodos y la mayoría de los peces y otros vertebrados (reptiles y mamíferos) entre los cordados.

Peces pelágicos
Los peces pelágicos presentan adaptaciones especiales que les facilitan el desplazamiento, la captura del alimento, la defensa y el ataque de sus presas, aprovechando mejor las características del medio ambiente. El color es un modo de camuflaje perfecto. Los peces pelágicos presentan el dorso oscuro, difícilmente distinguible desde la superficie, en combinación con un vientre plateado o blanco, imposible de ver desde las profundidades. Los peces más pequeños, como los arenques, tienen además una banda plateada a lo largo de los costados, que actúa como un espejo en el que se refleja la luz, y hace que la forma del pez se desvanezca y que éste pase inadvertido para los depredadores.
Pero además, y si el color no resulta un camuflaje suficiente, muchos peces buscan refugio en la masa formando cardúmenes o bancos. El depredador que no ha sido burlado por los trucos cromáticos de sus presas se puede ver confundido por la multiplicación de las formas y obligado a elegir una sola presa entre una multitud. Además los cardúmenes parece que no solo facilitan la reproducción y la búsqueda de alimento, sino que el nadar en grupo requiere menor gasto de energía que el desplazamiento individual. La última adaptación desarrollada por este tipo de especies es la hidrodinámica, una característica que les ha permitido viajar a gran velocidad. La zona epipelágica, inundada de luz solar, ofrece pocas posibilidades de ocultarse, y por ello es el reino de los animales más veloces del océano. Un atún puede alcanzar una velocidad de 74 km/h.

Redes tróficas pelágicas
El flujo de materia y energía en las redes tróficas pelágicas suele ir de lo más pequeño a lo más grande. Las redes comienzan en el fitoplancton o en las bacterias y acaban en cefalópodos, peces, aves y mamíferos. Una parte importante de la biomasa de estas redes pelágicas cae al bentos, al que sirve de alimento.
Existen dos tipos de redes tróficas pelágicas que pueden darse a la vez, la cadena trófica herbívora y la bacteriana.
La herbívora comienza con la asimilación de nutrientes inorgánicos por el fitoplancton (autótrofo) mediante la fotosíntesis y utilizando la energía del sol capturada por todos sus pigmentos (clorofilas como carotenoides y ficobilinas). El resto de los organismos, los consumidores o productores secundarios y terciarios (heterótrofos) utilizan la materia orgánica de niveles inferiores. Dentro de los consumidores el segundo nivel trófico se encuentra el zooplancton herbívoro y el siguiente nivel lo formaría el zooplancton carnívoro. En los últimos niveles estarían los carnívoros que se alimentan de otros carnívoros, como medusas, cefalópodos y peces. En el mar abierto, con pocos nutrientes, la únicas algas que pueden crecer son de muy pequeño tamaño, por lo que el número de niveles de la cadena es elevado, pudiendo llegar hasta 7. En las zonas costeras, más productivas, el número de niveles suele ser 4 o 3.
La cadena bacteriana comienza con bacterias pelágicas que asimilan la materia orgánica disuelta en el agua. Estas bacterias solo pueden ser consumidas con eficacia por pequeños protozoos flagelados o ciliados que sirven de alimento a su vez a los demás organismos del zooplancton y así sucesivamente hasta los niveles superiores.
En nuestra costa, en las épocas de mayor productividad, como sucede tras el bloom de fitoplancton en primavera, se dan redes tróficas muy cortas entre las algas y los peces, con 3 o 4 niveles tróficos, estando el atún en este 4 nivel.
Existen zonas de afloramiento o upwelling donde la producción pesquera es muy elevada, en primer lugar porque hay mucha producción primaria pero también porque la cadena es más corta y la pérdida de energía menor. Las áreas de afloramiento que ocupan sólo una mínima extensión de los océanos, son los sitios donde más biomasa de peces y otros consumidores se acumulan. En ellas están los principales caladeros, que proporcionan mas del 80% de la pesca mundial. En nuestras costas son importantes los upwelling de Galicia y, sobre todo, el caladero marroquí.