Por la Resolución 600/07818/2009, de 4 de mayo, del almirante jefe de Estado Mayor de la Armada, se creó la Fuerza de Guerra Naval Especial por medio de una adaptación orgánica que integra al MGNE (Mando de Guerra Naval Especial) y a la UEBC (Unidad Especial de Buceadores de Combate) dentro de la Fuerza de Guerra Naval especial (FGNE) dependiente del COMGEIM (Comandante General de Infantería de Marina) el 1 de junio de 2009. El 1 de julio se integró la UOE. Con esta decisión se cierra un capítulo de nuestra Armada que ha durado algo más de medio siglo, en el que la UEBC, partiendo del buceo de combate, ha sido el germen, protagonizado y desarrollado lo que hoy en día se ha dado en llamar la Guerra Naval Especial en la Armada Española. Tras detectarse la necesidad de disponer de una unidad de buceadores que cubriese las misiones de los UDT (Underwater Demolition Teams) de la US Navy en 1953, se creó en Palma de Mallorca el denominado Grupo de Illetas, núcleo pionero en el buceo de combate y precursor de la UEBC. En 1967 se le encomendó al comandante de Infantería de Marina Antonio Gorordo Álvarez la creación de la llamada Unidad Experimental de Buceadores y tres años más tarde se constituye la UEBC. Desde entonces esta unidad, por su constante adiestramiento con las unidades de buceadores de combate más avanzadas del mundo (Comando Hubert francés, Incursiori italianos y, sobre todo, los Seal Team de la US Navy), ha sido la pionera dentro de las Fuerzas Armadas españolas en desarrollar las técnicas y tácticas que componen la actual Guerra Naval Especial (GNE).
Aprovechando la estrecha colaboración mantenida durante casi 30 años con los Seal Teams, ha sido la unidad pionera en desarrollar técnicas y tácticas de GNE, como por ejemplo los abordajes con oposición a buques navegando o fondeados, con embarcación neumática o helicóptero, los métodos de incursión desde helicóptero por Fast-Rope y Helo Cast o desde submarino saliendo por esclusa en inmersión. En su historial destaca la gran cantidad de actuaciones en ayuda a la población civil, como inundaciones, recuperación de ahogados (en aguas marítimas e interiores) y de drogas, etc.